Cơ quan trực thuộc

• Văn phòng
• Thanh tra
• Phòng Tài chính
• Phòng Khoa học Quân sự
• Phòng Điều tra hình sự
• Phòng Thi hành án dân sự
• Phòng Cứu hộ cứu nạn
• Phòng Kinh tế
• Phòng Đối Ngoại

Bộ Tham mưu

• Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Đặng Văn Hùng (11 tháng 6 năm 2020 - nay)
• Phó Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Nguyễn Văn Hoàng (tháng 2 năm 2020 - nay) nguyên Phó Tư lệnh kiêm TMT Bộ Tư lệnh Thành phố Hồ Chí Minh
• Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Phạm Văn Thuận (tháng 5 năm 2017 - nay) nguyên Sư trưởng Sư đoàn 5
• Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Đặng Văn Lẫm (năm 2018 - nay) nguyên Hiệu trưởng trường Quân sự Quân khu 7
• Phó Tham mưu trưởng: Đại tá, Tiến sĩ Lê Thanh Bình.

Cục Chính trị

• Chủ nhiệm: Thiếu tướng Hoàng Đình Chung (19 tháng 6 năm 2020 - nay)
• Phó Chủ nhiệm: Thiếu tướng Nguyễn Văn Hiệu (2017-nay)
• Phó Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Như Trúc (2019-nay)
• Phó Chủ nhiệm: Đại tá Thái Thành Đức (2020-nay)
• Phó Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Công Anh.

Cục Hậu cần

• Chủ nhiệm: Đại tá Huỳnh Tấn Hùng
• Chính ủy: Đại tá Huỳnh Văn Mầm

Cục Kỹ thuật

• Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Văn Thành
• Chính ủy: Đại tá Biện Văn Chèo

Đơn vị trực thuộc Quân khu

• Bộ Tư lệnh Thành phố Hồ Chí Minh [4]
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bà Rịa Vũng Tàu
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bình Dương
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bình Phước
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Bình Thuận
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Đồng Nai
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Tây Ninh
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Lâm Đồng
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Long An
• Sư đoàn bộ binh 5[5]
• Sư đoàn bộ binh 302[6]
• Sư đoàn bộ binh 317[7]
• Lữ đoàn Pháo binh 75[8]
• Lữ đoàn Phòng không 77[9]
• Lữ đoàn Công binh 25[10]
• Lữ đoàn Tăng thiết giáp 26[11]
• Lữ đoàn Thông tin 23[12]
• Trường Quân sự quân khu 7[13]
• Trường Cao đẳng Nghề số 7[14]
• Trường Cao đẳng Quân y 2
• Đoàn Kinh tế - Quốc phòng Lâm Đồng
• Đoàn Kinh tế - Quốc phòng 778
• Trường bắn quốc gia khu vực 3
• Công ty TNHH MTV Tây Nam
• Công ty TNHH MTV Đông Hải

Đơn vị trực thuộc Cục

• Tiểu đoàn Đặc công 60, Bộ Tham mưu[15]
• Tiểu đoàn Phòng hóa 38, Bộ Tham mưu
• Tiểu đoàn Trinh sát 47, Bộ Tham mưu[15]
• Tiểu đoàn Vệ binh 180, Bộ Tham mưu[15][16]
• Tiểu đoàn Chỉ huy Pháo binh 10, Bộ Tham mưu
• Xưởng in Bản đồ, Bộ Tham mưu[17]
• Toà án Quân sự, Cục Chính trị.
• Viện kiểm sát Quân sự, Cục Chính trị.
• Bảo tàng Quân khu 7, Cục Chính trị[18]
• Báo Quân khu 7, Cục Chính trị
• Xưởng in báo, Cục Chính trị
• Đoàn An điều dưỡng 28, Cục Chính trị
• Trung đoàn Vận tải 657, Cục Hậu cần[19]
• Kho K60, Cục Hậu cần[20]
• Kho Xăng VK102, Cục Hậu cần[21]
• Bệnh viện Quân dân y Miền Đông (7C), Cục Hậu cần[22]
• Bệnh viện Quân y 7A, Cục Hậu cần[23]
• Bệnh viện Quân y 7B, Cục Hậu cần[24]
• Đội Y học dự phòng, Cục Hậu cần
• Xí nghiệp may, Cục Hậu cần
• Kho K6, Cục Kỹ thuật[25]
• Kho K9, Cục Kỹ thuật[26]
• Kho VK928, Cục Kỹ thuật[27]
• Xưởng Vũ khí OX1, Cục Kỹ thuật[28]
• Xưởng Ô tô Z735, Cục Kỹ thuật[29]
• Kho K75, Cục Kỹ thuật.